La cobertura vegetal es la capa de vegetación natural que cubre la superficie terrestre. Desde el año 2002, la ACP implementa el programa de vigilancia de la cobertura vegetal y usos de suelo en la cuenca, que genera cada cinco (5) años el Mapa General de Cobertura Vegetal y Usos del Suelo de la Cuenca Hidrográfica del Canal. Allí se cuantifica la distribución de la cobertura vegetal en el territorio, se establecen las tasas de deforestación y se indica la presión sobre los recursos naturales.
A partir del año 2009, el Programa de Reforestación en la Cuenca se ejecuta a través del Programa de Incentivos Económicos Ambientales (PIEA) en sus seis modalidades: áreas continuas, sistemas agroforestales, sistemas silvopastoriles, reforestación comercial, regeneración natural y enriquecimiento forestal. Desde su ejecución, se han reforestado en la cuenca en las áreas del Parque Soberanía, Parque Nacional Camino de Cruces, Parque Nacional Chagres, Ciudad del árbol; Campana, Capira; Aguas Clara, Cirí y Trinidad, Burunga, El Cacao, Peñas Blancas y Quebrada Ancha, y la subcuenca de los ríos Hules, Tinajones y Caño Quebrado, Gatuncillo, Agua Salud y 4S (Pescado, Cañito, Baila Mono y Paja).
Se utilizan especies nativas, en una mezcla que busca reproducir la diversidad que se da en la naturaleza, a través de reforestación con la planificación de fincas y protección de los recursos naturales.